一、角膜移植术后免疫排斥反应

关于角膜排斥反应的类型和高危因素，以及相关病理学和免疫学改变的研究，仍无突破性进展。有学者通过动物实验研究粗制了抗角膜内皮抗原，以便实现角膜内皮排斥反应的实验室诊断。

发现应用地塞米松、环孢素A（CsA）、FK-506、雷公藤多甙及IL-2-PE40等可降低免疫排斥反应的发生。其中地塞米松及CsA已成为临床上首选的抗角膜排斥反应药物，FK506作为抗排斥反应的全身用药已用于肾移植术后的免疫反应中。

相信在不久的将来，将引入男科，并通过新的表面给药载体克服水脂两溶性矛盾，使眼局部用药达到全身用药的治疗效果。

此外，为了减少术后免疫排斥反应，有学者对高危者在行角膜移植术前进行ABO配型联合HLA配型的研究中，发现HLA配型并没有象人们预期的那样发挥作用；而简单易行、经济快捷的ABO配型可能会对此有所帮助。

二、持续性角膜上皮缺损

持续性角膜上皮缺损，是化学性角膜烧伤角膜移植术失败的一个重要原因。曾有学者应用药物：层粘连蛋白、表皮生长因子等加速上皮的修复，但终究未能解决因角膜缘缺损而导致的角膜上皮来源衰竭。

随着角膜缘干细胞的深入研究，对烧伤后的角膜移植术者同时行异体或自体角膜缘移植术以修复持续缺损的上皮，可取得较好的治疗效果。目前还有应用表浅角膜针刺术，治疗角膜上皮反复缺损的报道。

三、继发性青光眼

角膜移植术后继发性青光眼是导致供体角膜内皮衰竭致使手术失败的又一因素。目前对难治性青光眼的治疗仍然困难。